Razem z przylegającym doń klasztorem powstał w latach 1588 -1671, na miejscu dawnego kościoła szpitalnego św. Jakuba Apostoła. Inicjatorami budowy byli Paweł Kostka (kościół) i Jan Nowodworski (zabudowania klasztorne).
Obiekty użytkowali Bernardyni do roku 1864, kiedy to klasztor przeznaczono na cele niereligijne.
W roku 1923 obiekty przejęli o. Pasjoniści, którzy wyremontowali zniszczone obiekty. W czasie ostatniej wojny w kościele mieścił się spichlerz a w klasztorze szpital i więzienie.
W okresie powojennym obiekty przeszły kilka remontów.
Od 1982 roku mieści się tu parafia św. Stanisława Kostki.