Świątynia powstała w l. 1589-1604 jako budowla drewniana. Następnie w l. 1618-31 budynek przerobiono na murowany. W l. 1690-99 dobudowano wieżę, a w 1764 r. zakrystię i skarbiec. W okresie zaborów Polski cerkiew unicka stała się świątynią prawosławną pw. św. Mikołaja Cudotwórcy. Po I wojnie światowej był to już kościół katolicki pw. św. Stanisława Kostki, ale jeszcze podczas II wojny światowej ponownie przeszedł w posiadanie grekokatolików.
--------------------------------------------
Początkowo była to drewniana cerkiew, wybudowana na początku XVII wieku, zajmowana przez Greków wyznania prawosławnego. W 1706, za sprawą Anny z Gnińskich Zamoyskiej, cerkiew została przekazana bazylianom. W okresie zaborów Polski, kiedy Zamość znajdował się pod panowaniem Rosji, na życzenie władz carskich została świątynią prawosławną pw. św. Mikołaja Cudotwórcy (1871). Po I wojnie światowej (1918) był. kościół rzymskokatolicki pw. św. Stanisława Kostki. Podczas II wojny światowej hitlerowskie władze okupacyjne przekazały kościół grekokatolikom. W roku 1945 kościół przejęli sprowadzeni w 1934 roku redemptoryści, którzy przywrócili pierwotne wezwanie kościoła – po dziś jest to kościół pw. św. Mikołaja. [FM]